Die wechselvolle Geschichte der Stadt Germersheim – vor allem geprägt durch Kriege in dieser grenznahen Region und das Militär – zeigt sich auch und besonders in der katholischen Pfarrkirche St. Jakobus. Viele unterschiedliche Baustile vereinen sich hier. Wer in der Stadt das Sagen hatte, verwirklichte sich hier: die Kurfürsten der Pfalz, die Franzosen, schließlich die Bayern. Kriege und Revolutionen hinterließen ebenso ihre Spuren. Ursprünglich handelte es sich bei der Kirche um eine Bettelordenskirche mit langgezogenem Chor und dreischiffigem Langhaus mit sechs Jochen. 

Rechts neben dem Hochaltar befindet sich in einer kleinen Nische ein Reliquiar mit einem Knochensplitter des heiligen Jakobus (des Älteren), des Schutzpatrons der Kirche. Der Volksaltar (Zelebrationsaltar) ist verziert mit ehemaligen Holzreliefs des Hochaltares: Im Vordergrund das Abendmahlmotiv, an den Seiten jeweils das Opfer Melchisedechs und die Opferung  Isaaks. Malerisch gestaltet ist der Chorraum an der rechten Wand mit zwei großen Fresken – geschaffen von den  Malerbrüdern Rudolf und Matthias Schiestl -, die einmal die Legende „Rudolph von Habsburg und der Priester“, sowie die „Übertragung der Seelsorge an die Serviten“ in typisch historistischer Aufmachung zeigen.

An der linken Wand befindet sich eine große Holzstatue des heiligen Jakobus; sie war ein Geschenk von Bischof Friedrich Wetter (dem späteren Erzbischof von München und Freising) Ende der 70er Jahre zur abgeschlossenen Kirchenrenovierung. Für den Ambo wurden die Evangelistenreliefs der einstigen Kanzel verwendet, welche nicht mehr existiert. Die Chorschranke und Kommunionbank aus Holz schmückt heute die Orgelempore.  Der Chorbogen ist ebenfalls von den Schiestl-Brüdern bemalt worden, und stellt Jesus im himmlischen Jerusalem umgeben von Engeln und Heiligen dar - eine Legende erzählt, dass für die Figuren Germersheimer Bürger Modell standen.

Das Langhaus in der jetzigen Form vereint ebenfalls mehrere Baustile in sich: Die Mauern stammen aus dem Jahre 1460. Die weißgestrichene Decke - aus der Zeit König Ludwigs XIV. von Frankreich - besteht aus mehreren Kreuzgratgewölben, die in mittelalterlichen Konsolen (Form und Alter ist gleich den Konsolen im Chor) entspringen. In den Seitenschiffen wurden die Konsolen als Rokokokartuschen gestaltet.  Das Langhaus ist dreischiffig und beherbergt in den Seitenschiffen mehrere Beichtstühle, Statuen und den Taufstein, bei dem vermutet wird, dass der selige Paul Josef Nardini 1821 dort getauft wurde. Einmalig in der Pfalz ist auch die Tatsache, dass das Langhaus durch eine unter der Orgel eingerichtete Treppe in einen unteren und einen oberen Teil „geteilt“ ist. Dieser besondere Zustand entstand im Zuge der Kirchenrenovierung 1976/77, als man den Boden auf das ursprüngliche Niveau deutlich absenkte. So kamen die Säulenfüße wieder zur Geltung.

Der Turm erlebte wohl die wechselvollste Geschichte: 1460 wurde der erste steinerne Turm errichtet, der aber zusammen mit der Kirche (bis auf den Chor und Teile des Langhauses) und der  gesamten Stadt durch die Franzosen am 25. Juli 1674 unter dem pfalzweit berüchtigten Marschall Turenne im Zuge des Orleansschen Krieges (Pfälzischer Erbfolgekrieg) niedergebrannt wurde - inzwischen war allerdings die Kurpfalz einheitlich zum evangelischen Bekenntnis übergetreten. Später ließ der französische König Louis XIV. ("Sonnenkönig") St. Jakobus wieder aufbauen - und gab das Gotteshaus den Katholiken seines neu eroberten Territoriums zurück.

1741 wird ein notdürftiger Holzturm erwähnt, der bis 1861 stand. Der heutige steinerne Turm von 47 Metern Höhe wurde zwischen 1861 und 1863 nach Plänen von Johann Jakob Tanera erbaut. Dabei wurde auch das Langhaus deutlich erweitert. In Germersheim war die heute noch in großen Teilen erhaltene Festung des Deutschen Bundes im Bau. Der bayrischen Garnisonsstadt spendierte man daher nicht nur eine Vergrößerung der Pfarrkirche,. sondern auch noch einen Kirchturm. Das Jahr der Grundsteinlegung findet man auch am linken Fuß des Turmes. Das Hauptportal der Kirche am Kirchenturm ist durch eine kleine Jakobsmuschel verziert, die die Kirche als Pilgerkirche auf dem Weg nach Santiago de Compostela (Spanien) auszeichnet.

Die Pfarrkirche ist integriert in eine größere Klosteranlage der Franziskaner, die diese zwischen 1699 bis 1793 nutzen, bevor sie von französischen Revolutionstruppen vertrieben wurden. Daraufhin befand sich im heute denkmalgeschützten Areal zunächst die Militärbäckerei, zur Zeit Nardinis eine Kaserne für bayrische Soldaten, ein Gefängnis für hohe Militärangehörige im Dritten Reich – vor allem war hier Generalleutnant Graf von Sponeck inhaftiert -, darauf im 20. Jahrhundert eine Volksschule und heute das Pfarrzentrum, das zwischen 1962 bis 1965 dementsprechend umgebaut wurde. Derzeit laufen Bemühungen, das Anwesen zu renovieren und zu modernisieren.

Erhalten sind auch der Klostergarten, der Kreuzgang und das ehemalige Refektorium, heute der Pfarrsaal. Weiter ist in den ehemaligen Kosterräumen ein Studentenwohnheim in Trägerschaft der katholischen Pfarrgemeinde untergebracht. Angebaut sind ein Schwesternhaus (leider leben seit jüngster Zeit keine Ordensschwestern mehr dort) und das neue Pfarrhaus. Das alte Pfarrhaus befand sich neben der heutigen Stadtverwaltung (Oberamtsstraße) und beherbergt heute die Stadtkasse.